Топдом дизайн интерьера: ТопДом – дизайн интерьера под ключ 👌 от дизайн-студии интерьеров

8

8

TOPDOM: база данных консервативно расположенных доменов и мотивов в белках

• Список журналов
• Биоинформатика
• PMC5013901

Биоинформатика. 1 сентября 2016 г .; 32 (17): 2725–2726.

Опубликовано онлайн 2016 апреля 12. DOI: 10.1093/Bioinformatics/BTW193

Авторская информация о статье Примечания об авторских правах и информации о лицензии

Дополнительные материалы

. мотивы, постоянно расположенные на одной и той же стороне мембран в α-спиральных трансмембранных белках, были обновлены и расширены за счет учета постоянно локализованных доменов и мотивов в глобулярных белках. Воспользовавшись недавно разработанным алгоритмом CCTOP для определения типа белка и предсказания топологии в случае трансмембранных белков, а также применяя тщательный поиск доменов и мотивов, а также используя самую последнюю версию всех исходных баз данных удалось добиться 6-кратного увеличения размера всей базы данных и 2-кратного увеличения количества трансмембранных белков.

Наличие и реализация: База данных TOPDOM доступна по адресу http://topdom.enzim.hu. Веб-страница использует обычное программное обеспечение Apache, PHP5 и MySQL для предоставления пользовательского интерфейса для доступа и поиска в базе данных. Сама база данных создается на высокопроизводительном компьютере.

Контактный телефон : [email protected].

Дополнительная информация : Дополнительные данные доступны по адресу Биоинформатика онлайн.

Белковые домены могут складываться независимо от других частей белков и выполнять разные функции. Функция, связанная с доменом, может быть важна в нескольких процессах, поэтому один домен может появляться в разных белках (Patthy, 1991). Поскольку домены могут быть функциональными только в соответствующих условиях, тот или иной домен в различных белках должен находиться в одном и том же окружении, т. е. в одном и том же субклеточном месте или в органеллах, внутренняя часть которых имеет сходные физико-химические свойства. Идентификация тех белковых доменов, которые постоянно появляются в одном и том же месте, может помочь аннотировать неизвестные белки с такими же или похожими доменами (Deng and Chen, 2015; Mitchell 9). 1548 и др. , 2014; The UniProt Consortium, 2014) или предсказание топологии трансмембранных белков (TMPs; Dobson et al. , 2015a). ; Туснади и Саймон, 2001).

В процессе цитоза мембраны сохраняют исходную ориентацию; поэтому все клеточное пространство можно определить как одно из следующих: внутреннее (цитоплазматическое) или внешнее (внецитоплазматическое) пространство. Подробное описание различных мембран и их односторонность можно найти на домашней странице базы данных TOPDB (http://topdb.enzim.hu; Dobson 9).1548 и др. , 2015b).

Здесь мы сообщаем об обновлении базы данных TOPDOM, первоначально разработанной для сбора доменов, последовательно расположенных на одной стороне TMP (Tusnády и др. , 2008). Обновление было выполнено путем расширения исследования глобулярных белков и использования исчерпывающего поиска доменов и мотивов во всех белках, либо имеющих точное расположение относительно мембран (например, локализация «Митохондрия» не является точной, но «Митохондриальный матрикс») или трансмембранный. Кроме того, мы применили тест статистической значимости для выбора тех доменов и мотивов, которые последовательно находятся на одной и той же стороне мембраны как в TMP, так и в не-TMP.

Аминокислотные последовательности были загружены из UniProt/SwissProt (2016_01). Алгоритм CCTOP использовался для различения TMP и не-TMP и для прогнозирования топологии для TMP. Для не-TMP использовали Swissknife (v1.72; Hermjakob et al. , 1999) для извлечения их субклеточной локализации. Четыре базы данных доменов и мотивов использовались для идентификации доменов и мотивов в аминокислотных последовательностях с помощью соответствующих методов поиска. Это Pfam 29.0 (hmmer 3.1b2; Finn и др. )., 2015; Мистри и др. , 2013), Prints 42_0 (fingerPRINTscan v3.596; Attwood и др. , 2003), Prosite 20.122 (ps_scan rev. 1.79; Sigrist и др. , 2013) и Smart 08.06.201.1 b2; Летуник и др. , 2004). Метод начальной загрузки был разработан для фильтрации значительных совпадений путем случайного перетасовки аминокислотных остатков на одной стороне мембраны в белках, а также поиска доменов в рандомизированных последовательностях. Рандомизация и поиск повторялись десять раз, и среднее значение и стандартное отклонение рассчитывались по десяти результатам поиска. Попадание считалось значительным, если реальное количество превышало среднее значение плюс трехкратное стандартное отклонение. Окончательная база данных была перенесена на наш веб-сервер и импортирована в базу данных SQL. Наряду с последним, сервер Apache предоставляет пользовательский интерфейс с использованием PHP и Bootstrap CSS для обеспечения функциональности в различных браузерах, операционных системах и платформах.

Первая версия TOPDOM (Tusnády и др. , 2008 г.) в значительной степени основывалась на аннотации UniProt (Консорциум UniProt, 2014 г.). Дискриминация и топологическая информация TMP, а также идентифицированные домены и мотивы были взяты из соответствующих строк CC, FT и DR записи UniProt. Теперь база данных TOPDOM была улучшена по трем направлениям. Во-первых, вместо использования аннотации топологии UniProt мы использовали метод прогнозирования CCTOP, чтобы различать TMP и не-TMP и прогнозировать топологию TMP. Запуск CCTOP привел к 77 036 TMP, а среди остальных белков 19.С помощью информации о локализации от UniProt было идентифицировано 4875 не-TMP с аннотированным и однозначным местоположением. Белки β-бочонка не участвуют в текущем выпуске базы данных TOPDOM, поскольку предсказание топологии белков β-бочонка гораздо менее точно, чем предсказание α-спиральных TMP. Во-вторых, для всех этих 271 911 белков был применен исчерпывающий поиск доменов и мотивов, что дало 1 538 118 совпадений. Местоположения попаданий можно было определить, используя положение их последовательности, а также информацию о топологии и локализации, предоставленную CCTOP и UniProt/SwissProt для TMP и не-TMP соответственно. Третье усовершенствование касается генерации конечной базы данных. Раньше отбирали те домены и мотивы, которые можно было идентифицировать с более чем 90% частоты на определенной стороне мембраны. Теперь мы вычисляем значимость попаданий методом начальной загрузки и выбираем те домены и мотивы, количество которых больше трех, а уровень значимости попаданий превышает 99%.

Как крупномасштабное применение CCTOP (во всем UniProt/SwissProt), так и сканирование мотивов и доменов требуют больших вычислений, поэтому эти вычисления выполняются на нашем компьютере HPC с 256 ядрами ЦП, а окончательная база данных хранится в общедоступный веб-сервер. Более того, поскольку TOPDOM, CCTOP и генерация трансмембранного подмножества UniProt циклически зависят друг от друга, генерация базы данных повторялась дважды. Все эти шаги могут быть выполнены автоматически; поэтому мы планируем обновить базу данных TOPDOM после обновлений UniProt. Логика и физические места процесса генерации данных показаны на дополнительном рисунке S1.

Всего из четырех исходных баз данных было идентифицировано 6,374 последовательно расположенных домена и мотива (Pfam: 4,134, Prints: 540, Prosite: 1,370, Smart: 330). 2.007 из них находятся в ТМЗ. Новая версия TOPDOM более чем в шесть раз больше предыдущей и более чем в два раза больше только по TMP.

Эта работа была поддержана грантами Венгерского фонда исследований и разработок [OTKA K104586]. GET и исследовательская группа поддерживаются грантом Momentum от Венгерской академии наук [LP2012-35].

Конфликт интересов : не объявлено.

Дополнительные данные:

Нажмите здесь для просмотра.

• Эттвуд Т.К. и другие. (2003) PRINTS и его автоматическое приложение prePRINTS. Nucleic Acids Res., 31, 400–402. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Дэн Л., Чен З. (2015) Интегрированная структура для функциональной аннотации структурных доменов белка. IEEE/ACM Trans. вычисл. биол. Биоинформ., 12, 902–913. [PubMed] [Академия Google]
• Добсон Л. и другие. (2015a) CCTOP: веб-сервер прогнозирования TOPology с ограничениями на основе консенсуса. Nucleic Acids Res., 43, W408–W412. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Добсон Л. и другие. (2015b) Ускорение сбора топологических данных для базы данных TOPDB. Nucleic Acids Res., 43, D283–D289. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Finn R. D. и другие. (2015) База данных семейств белков Pfam: к более устойчивому будущему. Nucleic Acids Res., 44, D279–D285. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Гермякоб Х. и другие. (1999) Swissknife – «ленивый разбор» записей SWISS-PROT. Биоинформатика, 15, 771–772. [PubMed] [Google Scholar]
• Летуник И. и другие. (2004) SMART 4.0: к интеграции геномных данных. Nucleic Acids Res., 32, D142–D144. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Mistry J. и другие. (2013) Проблемы поиска гомологии: HMMER3 и конвергентная эволюция спирально-спиральных областей. Nucleic Acids Res., 41, e121. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Митчелл А. и другие. (2014) База данных семейств белков InterPro: ресурс классификации через 15 лет. Nucleic Acids Res., 43, D213–D221. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Патти Л. (1991) Экзоны – оригинальные строительные блоки белков? Биоэссе, 13, 187–192. [PubMed] [Google Scholar]
• Sigrist C. J.A. и другие. (2013) Новые и продолжающиеся разработки PROSITE. Nucleic Acids Res., 41, D344–D347. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Tusnády GE, Simon I. (2001) Сервер прогнозирования трансмембранной топологии HMMTOP. Биоинформатика, 17, 849–850. [PubMed] [Google Scholar]
• Tusnády G.E. и другие. (2008) TOPDOM: база данных доменов и мотивов с консервативным расположением в трансмембранных белках. Биоинформатика, 24, 1469–1470. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]
• Консорциум UniProt. (2014) UniProt: центр информации о белках. Nucleic Acids Res., 43, D204–D212. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [Google Scholar]

Статьи по биоинформатике предоставлены здесь с любезного разрешения Oxford University Press

Интерьер дома в английском стиле

Подбор ключевых слов : Интерьер дома в староанглийском стиле , Гостиная в английском стиле , Дизайн интерьера современного английского дома , Декор дома в староанглийском стиле , Типичный4 интерьер британского1 дома , , Спальня в английском стиле , Дом в современном английском стиле , Интерьер старого английского дома ,

Английский стиль строг и консервативен. Здесь даже мельчайшие детали излучают роскошь и изысканность. А это значит не только фасад, но и внутренняя отделка . Но чтобы получить дом в английском стиле , потребуется много финансовых затрат.

Светлая гостиная в английском стиле Источник remont-f.ru/

Дизайн интерьера

Дома в английском стиле имеют следующие характеристики:

• Обязательное зонирование помещений . Дом здесь не просто разделен на комнаты с разным смыслом. Но большая часть комнат также подлежит разделению на отдельные функциональные зоны.
• Несмотря на то, что в доме может быть несколько этажей, комнаты в нем будут маленькие .
• Все симметрично . Сами комнаты, окна и двери в них расположены симметрично. Вы также можете прочитать другие статьи: Скандинавский план изнутри.

Люстра необычной формы в интерьере гостиной Источник srbu.ru/

• Окна в жилище всегда большие. Каркасы обязательно из натурального дерева. Чаще всего они имеют светлый оттенок. Чтобы продемонстрировать свою приверженность старинным традициям, многие современные англичане сознательно не заменяют старые оконные рамы из своего натурального дерева новыми пластиковыми моделями. Это позволяет сохранить первоначальный вид здания.
• Для отделки помещений в английском доме используются дерево, натуральный камень, обои с растительным орнаментом или с полосатым принтом.
• Английский стиль не терпит контрастов. Все сделано в спокойной гамме. Преобладающими являются белый, синий, красный, зеленый, терракотовый, лиловый. Иногда можно использовать золотистые тона.

Цветочные орнаменты в оформлении комнаты Источник legko.com/

• В гостиной обязательно должен быть камин , на котором установлена ​​полка с семейными реликвиями, фото в красивых рамках, подсвечники.
• Помимо основного освещения (люстры) используется и дополнительное освещение (канделябры, торшеры). Свет должен быть равномерным по всей комнате.
• При выборе мебели предпочтение отдается классическим вариантам. Может иметь элементы других стилей – вставки из бронзы и латуни, резные украшения. Обивка мягкой мебели в основном выполняется из натуральной кожи или ткани с мелким рисунком. Вы также можете прочитать другие статьи: Идеи балкона в скандинавском стиле.

Использование дерева в дизайне комнаты Источник www.topdom.ru/

• Текстиль преимущественно натуральный. Британцы предпочитают однотонную ткань или украшенную полоской, клеткой или мелким орнаментом.
• В качестве декора используются большие картины и зеркала в резных рамах, всевозможные статуэтки и вазы.
• Расстановка мебели и элементов декора в комнате строго продумана. Здесь нет хаоса или небрежности.

Использование английского стиля в оформлении дома Источник porusski.me/

Выбор цвета для английского стиля

Чтобы сделать комнату уютной, в английском стиле используют 3-4 основных оттенка. Они могут быть яркими или приглушенными. Чаще всего можно встретить такие комбинации:

• Коричневый, темно-зеленый, кирпичный.
• Песочный, темно-коричневый, бежевый и шоколадный оттенки.

Традиционные для английского стиля цвета Источник legko.com/

Приглушенные цвета декора стали характерной чертой дома в английском стиле. При этом всегда действует правило: если окна комнаты выходят на солнечную сторону (южную или восточную), то при отделке используются холодные краски: серые, синие и зеленые оттенки. Для теневой стороны (запад и север) применима теплая цветовая гамма: песочный, шоколадный, оранжевый. Вы также можете прочитать другие статьи: Планы этажей современных скандинавских домов.

Реже можно встретить оформление интерьера в светлых тонах (светло-серый, белоснежный, бежевый). В этом случае обивка мебели будет иметь рисунок, сочетающийся с отделкой стен.

Кухонный декор в бело-оливковом цвете Источник www. topdom.ru/

Такой интерьер может содержать множество узоров. Все они среднего размера. Чаще всего используют геометрические принты (полоски, квадраты) или цветочные мотивы, которые смотрятся очень романтично. Также британцы чувствительны к оттенкам красного. Их можно увидеть в цветах ковров и другого домашнего текстиля. Популярны в этом стиле белоснежные гардеробы.

Оформление большой гостиной Источник look-wood.ru/

Подборка текстиля и аксессуаров

Дом в английском стиле всегда наполнен красивым текстилем. В помещении можно увидеть шторы, подушки и другие элементы декора из плотных, тяжелых тканей – бархата, гобелена, штофа. При этом цвета тканей и обивки мягкой мебели обязательно должны смотреться гармонично. Вы также можете прочитать другие статьи: Проекты скандинавских домов.

Использование декоративных подушек в интерьере Источник landshaftdizajn.ru/

Максимальное количество текстиля можно увидеть в спальне:

• на окна выбирайте массивные шторы, преимущественно прямого кроя;
• туалетный столик должен быть покрыт кружевной или вышитой скатертью;
• кровать имеет стеганое покрывало и множество декоративных подушек;
• небольшой диванчик или кресло с подушками ставится у окна.

Для оформления дома в английском григорианском или другом стиле используйте:

• вазы и канделябры;
• семейные портреты или фотографии в красивых, часто деревянных рамах;
• фарфоровая посуда;
• зеркала в массивных резных или позолоченных рамах;
• коллекции маленьких кукол или фарфоровых статуэток.

Интерьер домашней библиотеки Источник srbu.ru/

Камин становится неотъемлемой частью английского дома . В прошлом у него была своя функция – его использовали для обогрева помещения. Сегодня эта необходимость отпала, поэтому его делают исключительно в декоративных целях. Камин делает комнату более уютной, внося нотки спокойствия и умиротворения. Для современных каминов уже не нужно специально возводить дымоходы сложной конструкции. Поэтому использование новых систем полностью безопасно и экологично. Вы также можете прочитать другие статьи: планы скандинавских амбаров.

Гостиная в английском стиле с камином Источник http://landshaftdizajn. ru/

Примеры интерьеров

Проекты домов в английском стиле включают небольших комнат . Сегодня это просто дань моде, а раньше это делалось для того, чтобы их было легче согреть в холодное время года. Между кухней, столовой и гостиной всегда есть свободный и просторный переход. Их можно отделить друг от друга аркой или прозрачной стеклянной дверью. А вот дверь в спальню или кабинет всегда большая и массивная, из натурального дерева.

Геометрические и цветочные принты в интерьере комнаты Источник legko.com/

Гостиная

Гостиная – место для отдыха, встреч всей семьей и дружеских посиделок. Поэтому он должен быть удобным. Климатические особенности Великобритании привели к тому, что важным условием в местном жилище становится наличие «теплых» деталей интерьера. Во-первых, дома в английском стиле не может быть без камин. Кроме того, в гостиной будут кресла с высокими спинками. Такая мебель в прошлом защищала людей от сквозняков. Вы также можете прочитать другие статьи: Балкон в скандинавском стиле.

В центре комнаты установлен большой диван и обеденный стол. Еще одним важным элементом, без которого невозможно представить английский дом, являются высокие открытые книжные полки. Иногда они занимают абсолютно всю поверхность стены. Кроме книг на них устанавливают всевозможный декор – фарфоровые предметы, фотографии, вазочки, подсвечники. На креслах и диванах можно увидеть разбросанные подушки. На столе ажурные салфетки. Если говорить о цветовой гамме гостиных, то здесь преобладают бежевые, темно-красные и медовые тона. Вы также можете прочитать другие статьи: экстерьер скандинавских домов.

Комбинированные варианты освещения в интерьере гостиной Источник foto-interiors.com/

Пол в гостиных английских домов выполнен из темного дерева или ламината с крупной клеткой. Это позволяет сделать комнату с небольшой площадью визуально шире. Стены могут быть оклеены обоями, тканью или панелями, покрытыми лаком. На пол выбирают большой светлый ковер. Его можно украсить цветочными узорами. Вы также можете прочитать другие статьи: Скандинавский стиль в интерьере загородного дома.

Спальня

Английский стиль ассоциируется с роскошью и аристократизмом, поэтому в спальне обязательно должна быть огромная кровать. Изысканно смотрится мебель с красивой резьбой или балдахин, который устанавливается у изголовья. Кровати обычно выбирают из натурального дерева темных оттенков. Рядом стоят прикроватные тумбочки с небольшими светильниками. Вы также можете прочитать другие статьи: Виды рисков в строительных проектах.

Использование английского стиля в обустройстве спальни Источник stroy-podskazka.ru/

Особую атмосферу комнате придаст обилие тканей: массивные плотные шторы, украшенные драпировками, ковры в клетку, подушки разных размеров, покрывало с мелким цветочным узором.

Здесь часто используются светлые обои с рисунком в виде цветов и листьев, как в стиле прованс. На пол укладывается светлый ламинат или паркет. Сверху обязательно должен быть ковер, рисунок и цвета которого гармонируют с цветами стен. Вы также можете прочитать другие статьи:  Как звукоизолировать дом.

Квадратный принт в дизайне спальни Источник design-homes.ru/

Кухня

Комната, в которой хозяйки проводят много времени, должна быть удобной и дарить ощущение покоя. Сюда можно поставить стул с традиционной для этого стилистического направления высокой спинкой. Кроме того, может быть удобный небольшой диванчик. Типичными для такой кухни являются кухонный остров, дверной проем в виде арки и балки на потолке. Вы также можете прочитать другие статьи: Идеи стеллажей своими руками.

Классический английский интерьер отличается использованием светлых оттенков. Поэтому в отделке выбирают серый, белый, кремовый, светло-желтый и различные пастельные тона. Акцент здесь делается на яркие шторы, красивые полотенца, яркие скатерти. На диване и кресле будут традиционные подушки.

Оформление кухонного острова в английском стиле Источник Idealkuhnya.ru/19

При выборе материала для отделки кухни , нужно учитывать, что он должен быть безопасным и надежным. Качественные материалы помогут создать интерьер, который долгие годы будет радовать своих владельцев. Это может быть натуральный камень, мрамор, дерево. Для украшения мебели используется резьба и блестящая позолоченная фурнитура. Вы также можете прочитать другие статьи: Комнатные декоративные растения.

Для создания эффекта «под старину» в английской кухне выберите белоснежные шкафы с застекленными дверцами. Дополнительно здесь может быть встроенный буфет. Его функции – хранение полезной кухонной утвари и демонстрация красивой, дорогой посуды. Полки и дверцы шкафов со стеклянными вставками открывают вид на старинные фарфоровые чашки и блюдца, плетеные корзины. Это позволяет добиться оригинальности и уюта в помещении. Вы также можете прочитать другие статьи: Звукоизолированная комната.

Мебель для кухни и столовой в английском стиле Источник goldenplaza.com.ua/

Стены на кухне украшены росписью. Ими можно рисовать пейзажи сельской глубинки, сцены охоты, изображения животных. В качестве декора используется различная старинная посуда, чайные сервизы, кувшины и медные горшки.

Если позволяет площадь кухни, в ее центральной части можно сделать остров. Его окружают стулья с высокими спинками, покрытые матерчатыми накидками. Рабочая поверхность в основном изготавливается из гранита или другого природного камня. Вы также можете прочитать другие статьи: Г-образные кухни для маленьких кухонь.

Использование натурального камня в интерьере кухни Источник 5domov.ru/

Прихожая

С самого порога гости английского дома смогут ощутить любовь местных жителей к антиквариату, поэтому проход в другие комнаты часто задрапирован массивными портьерами. Прихожая в таких домах может иметь разную площадь. Это огромный просторный холл или миниатюрная комната, в которой располагается необходимый минимум мебели. Вы также можете прочитать другие статьи: Вдохновение для маленького сада.

Но, даже в маленькой прихожей размещаются большое зеркало, скамья, шкаф и тумба для обуви, подставка для зонтов и вешалка. Мебель украшают витражами, резьбой, филенками.

Прихожая в английском доме Источник comfortoria.ru/

При выборе мебели англичане строго следят, чтобы ее оттенок гармонировал с отделкой стен. Это может быть светлое или темное дерево. Такую прихожую практически невозможно перегрузить аксессуарами. Здесь будут уместны изысканные настольные лампы на столе для шляп и перчаток, фарфоровая напольная ваза. Стены украшают картины в резных рамках или небольшие семейные фотографии. Вы также можете прочитать другие статьи: тонкости строительных конструкций.

Простая отделка прихожей Источник comfortoria.ru/

Детская

В детской важно разделить на функциональные зоны: для сна, игры, учебы. Цветовая гамма состоит из традиционных для этого стиля оттенков: кремового, бежевого, бледно-розового или голубого. Их разрешено разбавлять яркими цветами: красным, бордовым, зеленым, кирпичным.

Цветочные узоры использованы в комнате маленькой принцессы. Для мальчика выбирают образ моря или приключений. Может быть большое количество полок и выдвижных шкафов. Вы также можете прочитать другие статьи: Тенденции в дизайне интерьера.

Оформление детской комнаты в английском стиле Источник design-homes.ru/

Ванная комната

Так как английский стиль подразумевает роскошь, желательно, чтобы ванная комната имела большую площадь. Важно, чтобы мебель не мешала свободному передвижению. А добиться этого в маленьком помещении просто невозможно.

Здесь хорошо будет смотреться плитка контрастных цветов, например, черно-белая. В некоторых английских домах стены ванных комнат могут быть обшиты деревянными панелями или влагостойкими обоями с цветочным орнаментом. Вы также можете прочитать другие статьи: дома на продажу Фрэнка Ллойда Райта.

Интерьер ванной комнаты в английском доме Источник comfortoria.